Да, такое может быть.
Законодательство предусматривает обязанность предприятий ежегодно  подтверждать сведения о себе в реестре предприятий.
Это делается  в течении месяца годовщины регистрации, т.е. если предприятие зарегистрировано 24 августа, значит ежегодно 24 августа вы доджны подавать эту самую форму №6 в администрацию. Ели такого не сделано, то могут возникнуть некоторые последствия, в частности регистратор не примет документы на внесение данных в реестре (смена учредителей, директора, видов деятельности и пр.)
Детали ежегодного подтверждения сведений.

Да. Если у Вас Свидетельство о регистрации старого образца, тогда вы не сможете осуществить никаких изменений в реестре предприятий.
Вам обязательно предварительно необходимо заменить свидетельство и внести сведения о предприятии в реестр. Такая замена производится разово. Детали замены свидетельства о регистрации.

Да. Если Вы заказываете сразу несколько следующих услуг по изменению данных предприятия в реестре:

Да. Собственно, иначе и не получится. Рано или поздно его придется изменить.
Но замена свидетельства о государственной регистрации предприятия это не отдельное действие, это лишь следствие, поскольку изначально возникает обязанность предприятия подтвердить ведения о себе. Если же такое подтверждение происходит первый раз и предприятие зарегистрировано до 01.07.2004 года, в таком случае придется одновременно заменить и свидетельство о регистрации.

Да. Пока никаких пошлин за замену свидетельства о регистрации не предусмотрено.

Для замены свидетельства о государственной регистрации необходимы следующие документы:
Дополнительная информация Вам будет предложена к заполнению в анкете заказа при оформлении через сайт. Зачем мне оформлять заказ через сайт?